過濾器對于滴灌系統(tǒng)的操作至關(guān)重要。許多設(shè)備和管理技術(shù)依賴于清潔灌溉水。根據(jù)水源、沉淀池、自清潔抽吸裝置、砂分離器、介質(zhì)過濾器、篩網(wǎng)過濾器和盤式過濾器與滴灌系統(tǒng)一起使用。保持滴水系統(tǒng)沒有碎屑至關(guān)重要，大多數(shù)堵塞會影響整套系統(tǒng)的流暢。

篩網(wǎng)和盤式過濾器的特征在于水穿過過濾器孔的尺寸。開口的大小由過濾器的網(wǎng)格大小決定。網(wǎng)格尺寸與過濾器開口的尺寸成反比。比如，200目過濾器比100目過濾器過濾掉更小的顆粒。對于大多數(shù)滴灌帶，需要150至200目的過濾。對于帶有內(nèi)部連接發(fā)射器的防堵塞管，100目過濾就足夠了。

沉淀池利用重力使顆粒物質(zhì)沉淀到池塘底部。沙粒大小的顆粒會在幾秒鐘內(nèi)沉淀下來，但淤泥和粘土大小的顆粒需要數(shù)小時(shí)、數(shù)周、數(shù)月才能沉淀下來。池塘還會滋生水生生物，這通常會導(dǎo)致堵塞問題。

介質(zhì)過濾器是商業(yè)蔬菜生產(chǎn)中最常用的過濾器。它們的直徑范圍從14到48英寸，通常成對安裝。介質(zhì)過濾器價(jià)格昂貴、重且大，、它可以在高流速下清潔劣質(zhì)水。在介質(zhì)過濾器中，12至16英寸的介質(zhì)（沙子或碎石）充當(dāng)三維過濾劑，將顆粒捕獲在頂部英寸或兩個(gè)介質(zhì)內(nèi)。

當(dāng)介質(zhì)充滿顆粒物質(zhì)時(shí)，介質(zhì)罐中的壓降增加，迫使水通過更小和更少的通道。這將最終禁用介質(zhì)過濾器，要求來自一個(gè)罐的清潔水通過臟罐向后布線以清潔介質(zhì)。這種“反沖洗”需要精確的流速才能使介質(zhì)“跳舞”并徹底清潔。大型商用過濾器需要電子控制和液壓閥來輸送水。通常，清潔介質(zhì)罐的壓降為2至3psi。當(dāng)介質(zhì)過濾器上的壓差達(dá)到給定水平時(shí)，通常比罐清潔時(shí)高5到8 psi，是時(shí)候?qū)^濾器進(jìn)行黑色沖洗。